هدف از تأسیس پژوهشکده ها: دانشگاه علوم پزشکی شیراز به منظور وصول به اهداف زیر اقدام به تأسیس پژوهشکده های علوم داخلی، تروما و مرکز جامع سلولهای بنیادی و پزشکی بازساختینموده است:
توسعه و به کار گیری دانش در زمینه علوم مربوطه
تربیت نیروی متخصص در زمینه علوم مربوطه
کوشش در جلب توجه و همکاری مراکز تحقیقاتی مرتبط داخل کشور
همکاری های علمی و پژوهشی با مراکز تحقیقاتی و آموزشی سایر کشور ها و سازمان های بین المللی با رعایت قوانین جمهوری اسلامی ایران
اولین پژوهشکده دانشگاه علوم پزشکی شیراز در سال 1393 مصوب گردید و از آن تاریخ تاکنون 3 پژوهشکده در دانشگاه مصوب و به شرح زیر در حال فعالیت می باشند: